De overheidsinstantie de NVWA (Nederlandse Voedsel- en Warenautoriteit) houdt gevraagd en ongevraagd een voedselveiligheid controle in bedrijven. Dit gebeurt vooral als ooit al eens bleek dat iemand in de fout ging. Ook ziet de NVWA erop toe dat ondernemers of organisaties die met voedsel, voedselbereiding of voedseltransport werken, de in Nederlands of Europees verband geldende hygiënecodes naleven. De NVWA is gerechtigd om boetes uit te delen, die fors kunnen oplopen. Bij een voedselveiligheid controle is men vooral gefocust op de wetgeving rondom allergenen in voedsel.
Elke ondernemer die binnen de voedselketen in Nederland actief is heeft een meldingsplicht bij de NVWA zodra zij schadelijk stoffen signaleren in de eigen producten. Hierop is het dan zaak om elk in omloop gebracht product zo vlug mogelijk te traceren en vervolgens te vernietigen. Naast de NVWA gaat het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit over de hygiëne en kwaliteit bij vlees en diervoeders en daarnaast over de bestrijdingsmiddelen en productie van AGF. Tot slot zijn er nog instanties als het RIVM en het RIKILT, maar deze onafhankelijke organisaties hebben geen controlerende maar een voorlichtende rol voor zowel burgers als bedrijfsleven.